연세중앙교회 단지 내 주차장은 지하주차장과 지상주차장으로 구분되어 있으며, 여러 가지 면에서 남다른 특징이 있다.
첫째, 지하주차장의 면적이 진출입 램프, 내부 램프, 썬큰 등을 제외하고도 2개층을 합쳐 5천2백평(가로가 135미터, 세로가 70미터, 두 개 층의 높이가 평균 10미터)으로 노아의 방주(장이 삼백규빗, 광이 오십규빗, 고가 삼십규빗 창세기 6:15)의 3배 규모에 이른다. 주차면수만 700면이고 보면, 상업용 시설을 제외하고 단일 건물의 주차장 규모로는 최대 규모라 해도 과언이 아니다. 또한 주차장이 경사가 져 있어서 같은 층에서도 높은 곳과 낮은 곳의 높이 차이가 4.7미터나 된다. 이것은 당초의 대지가 경사져 있어서 대지 경사에 맞추어 주차장을 만든 것으로 세계적으로도 드문 경우라고 할 수 있다. 그럼으로써 많은 금액의 공사비를 절약할 수 있었고, 유지관리에도 여러가지 유리한 점이 있다.


둘째, 일반적인 건물은 본건물의 지하에 주차장을 구성하지만, 연세중앙교회는 지하주차장과 본건물이 구조적으로 분리가 되어 있다. 이것은 예배 후 성도들이 일시에 몰려 주차장으로 향할 경우 안전사고의 우려가 있을 뿐만 아니라 주차장으로 향하는 통로는 병목현상으로 인해 정체가 빚어지는 것은 명약관화(明若觀火)한 일이다. 또한 본 건물의 지하에 주차장으로 일시에 몰린 성도들이 동시에 시동을 걸 경우 여기서 발생되는 각종 오염물질이 본 건물로 유입될 우려가 있다. 따라서 연세중앙교회에서는 예배를 마친 성도들이 충분히 확보된 출입문을 통하여 외부로 나온 후 주차장과 연결된 3개의 진출입로를 통하여 주차장으로 내려갈 수 있도록 하여 안전사고를 막고, 성도들이 동시에 시동을 걸더라도 충분히 이로 인해 발생된 배기가스를 외부로 배출할 수 있도록 각 층에 28개의 유도휀과 4개의 대형 배기휀(지하주차장 내부 3곳의 공조실 안에 설치되어 있다)이 설치되어 있다. 지하 1층에는 지하주차장 이용객을 위한 별도의 화장실(남자화장실-소변기 6개, 양변기 8개, 여자화장실-양변기 14개)를 갖추어 놓았다.
셋째, 지상주차장은 버스주차장, 장애인주차장, 지하주차가 어려운 트럭 등을 위한 주차장, VIP 주차장 등으로 나누어 볼 수 있다. VIP 주차장은 대성전 후면에 마련되어 있고, 교회 내의 행사 시 관계자들이나 출연진들을 위한 주차장으로 사용이 되고 있으며, 휠체어를 사용하는 장애우들이 본당으로 직접 들어갈 수 있도록 장애인 램프를 사용하는 장애우들을 위한 주차장으로도 활용되고 있다.
지상주차장과 지하주차장은 여유 공간을 확보하고 있어서 행사시나 차량이 많은 경우에는 최대 1000대까지도 주차가 가능하다.